PASSAGE: Verfahren zur Berechnung von "Next-Generation"-Transkriptomprofilen

by Stephan Körner

Die Entwicklung und Einführung von Next-Generation Sequencing-Technologien verändern die Möglichkeiten für Transkriptomstudien immens. Mit der Leistungsfähigkeit der momentanen Sequenziertechnologien können Millionen von Sequenzen in kürzester Zeit sequenziert werden. Mit PASSAGE wird in diesem Buch ein Verfahren zur genomweiten Genexpressionsanalyse ohne ein Referenzgenom vorgestellt. Neben der Analyse von Einzelzellen wird aufgezeigt wie mit PASSAGE auch die Analyse von Metatranskriptomen möglich ist. Ist ein Referenzgenom vorhanden so kann mit PASSAGE der Aufwand der Betrachtung der einzelnen Sequenzen mit eben diesem Verfahren deutlich reduziert werden. Neben der reinen Analyse der Daten wird zudem eine grafische Benutzeroberfläche zur Visualisierung der Ergebnisse vorgestellt. Damit wird dem Anwender eine äußerst effiziente Analyse der Daten ermöglicht. Der Vergleich mit Microarray-Ergebnissen zeigt die Validität dieses Verfahrens zur genomweiten Genexpressionsanalyse an Einzelzellen oder von Metatranskriptomen.

120 pages, Paperback

Published June 9, 2011

About the author

Stephan Körner was a British philosopher, who specialised in the work of Kant, the study of concepts, and in the philosophy of mathematics. Born to a Jewish family in Czechoslovakia, he left the country to avoid certain death at the hands of the Nazis after the German occupation in 1939, and came to the United Kingdom as a refugee, where he began his study of philosophy; by 1952 he was a professor of philosophy at the University of Bristol, taking up a second professorship at Yale in 1970. He was married to Edith Körner, and was the father of the mathematician Thomas Körner and the biochemist, writer and translator (née) Ann M. Körner.