في عام 1338 هـ / 1919 استقال من وظيفته خلال ثورة سعد زغلول وتوجه إلى إنجلترا على نفقته الخاصة طلبا للتخصص في الكيمياء، وهناك التحق بجامعة وتنجهام حيث زامله فيها علي مصطفى مشرفة ثم تركها إلى جامعة ليفربول، ونجحت مساعيه في أن تلحقه الدولة ببعثتها الرسمية، ثم حصل على شهادة بكالوريوس العلوم من ليفربول عام 1923، ثم دكتوراه الفلسفة في الكيمياء 1343 هـ / 1924، ثم انتقل إلى جامعة مانشستر لمواصلة البحث العلمي، فأمضى بها عامين، ثم التحق بجامعة لندن وحصل على درجة الدكتوراة في العلوم عام 1347 هـ / 1928 وهي أرفع الدرجات العلمية التي تمنحها الجامعات، وكان ثالث مصري يحصل عليها بعد علي مصطفى مشرفة وعبد العزيز أحمد.
شغل منصب مدير مصلحة الكيمياء عام 1355 هـ / 1936. وفي عام 1945 أختير مديراً لمؤسسة البحوث العلمية المصرية ثم اختير وزيرا للشئون الاجتماعية عام 1952. ترأس أحمد زكي تحرير مجلة الهلال كعمل جانبي بين سنتي 1946-1950، وترأس الجمعية الكيماوية المصرية مدة ربع قرن، وكان يعد لنشر كتابه الجديد (مع الله في الأرض) الذي نشرت منه عشر حلقات في مجلة العربي بعنوان "وحدة الله تتراءى في وحدة خلقه" ولكنه توفي قبل إتمامه.
أهم الأعمال[عدل] تأسيس الجمعية الكيميائية المصرية 1938. تأسيس المجمع المصري للثقافة العلمية 1929. تأسيس المركز القومي للبحوث 1947. رئاسة مجلة العربي الثقافية الكويتية منذ عام 1958 ولمدة 17 عام إلى أن توفي وكان أول رئيس تحرير لها. عضواً في مجامع اللغة العربية بالقاهرة ودمشق وبغداد
بالطبع إنها الصدفة ، فأنا لم أشتر هذا الكتاب إلا لأنه كتاب العربي الاول ، وكعادة أي صدفة تكون رائعة .. أسلوب بسيط مع ضرب الامثلة التى توضح الفكرة و تحددها و تجسدها فكما قال د- أحمد زكي " كثيرا ما مالت نفسي إلى حكم ولا أقول قبلته ، فلما ضرب كاتبه الامثال كفرت به و بها ، وكثيرا ما مالت نفسي عن حكم ولا أقول رفضته فلما ضرب كاتبه الامثال آمنت به وبها " غير في نفسي مفاهيم كثيرة جدا بهذه المقالات التى و إن كان تاريخها قديما من فترة السيتينات والسبعينات إلا أنها تصف الاوضاع العربية وما فيها من مشكلات في رأيي كما هي اللهم إلا من تغيير في الارقام فقط لتناسب القرن الحالي "للأسف" . . من أكثر الفصول التي أثرت في نفسي و فكري هي تلك التى تحدث فيها عن الفرد والمتجمع و كيفية التوازن بينها وعجبتني مقولة "سحقا للمجتمع الذي لا يكون فيه للفرد غير الشقاء " تحدث أيضا عن الحرية طبعا كما نعلم لم يختلف الوضع كثيرا عما سبق ، وتحدث أيضا عن الثقافة و المرأة و التعليم و النهضة والحضارة ، .. أعجبني هذا الكتاب فعلا لانه غير من فكري ولو قليلا
مجموعة من المقالات للكاتب د. أحمد زكي تحاكي قضايا عربية شتى ،فلا يقتصر الكتاب في مضمونه علي عنوانه وهو الحرية ،وإنما يتوصل في موضوعات متنوعة كالتعليم والمرأه والصحافة والثقافة والفرد والمجتمع والنهضة والحضارة ..وإن عرفنا هذه الموضوعات حق المعرفة سنعرف معني الحرية بحق ...