Γεννήθηκε στον Αρτεμώνα της Σίφνου. Ο πατέρας του Νικόλαος Ι. Γρυπάρης ήταν δάσκαλος και κατόπιν βιβλιοπώλης. Μεγάλωσε στην Κωνσταντινούπολη και σπούδασε στη Μεγάλη του Γένους Σχολή. Αργότερα φοίτησε στο Πανεπιστήμιο Αθηνών. Στην Κωνσταντινούπολη επιστρέφει ως δάσκαλος και ταυτόχρονα γράφει σε λογοτεχνικά περιοδικά μέχρι το 1897. Επανέρχεται στην Αθήνα και αριστεύει στις πτυχιακές εξετάσεις Φιλολογίας. Από τότε εργάζεται ως καθηγητής σε διάφορες περιοχές της Ελλάδας. Ιδρύει με τους Κ. Χατζόπουλο και Γ. Καμπύση το περιοδικό "Η Τέχνη".
Διετέλεσε στην εκπαίδευση γυμνασιάρχης. Επιθεωρητής και έπειτα υψηλόβαθμος υπάλληλος του Υπουργείου Παιδείας. Την περίοδο 1932-1935, θα οριστεί ο πρώτος καλλιτεχνικός διευθυντής του Εθνικού Θεάτρου. Πεθαίνει από πείνα την περίοδο της Κατοχής.
Συνέβαλε τα μέγιστα στην αναβίωση του αρχαίου δράματος με μεταφράσεις αρχαίων τραγωδιών. Στην ποίηση επηρεάστηκε από το συμβολισμό και τον παρνασσισμό, εντασσόμενος στους δημιουργούς της Νέας Αθηναϊκής Σχολής.
Για την ποιητική του συλλογή Σκαραβαίοι και τερρακόττες (1919), βραβεύτηκε με το Αριστείο των Γραμμάτων και των Τεχνών.
Ο Ιωάννης Ν. Γρυπάρης ήταν Έλληνας μεταφραστής, λογοτέχνης και εκπαιδευτικός, ενώ διετέλεσε στέλεχος του Υπουργείου Παιδείας και διευθυντής του Εθνικού Θεάτρου.
Συνέβαλε τα μέγιστα στην αναβίωση του αρχαίου δράματος με μεταφράσεις αρχαίων τραγωδιών. Στην ποίηση επηρεάστηκε από το συμβολισμό και τον παρνασσισμό, εντασσόμενος στους δημιουργούς της Νέας Αθηναϊκής Σχολής. Για την ποιητική του συλλογή Σκαραβαίοι και τερρακόττες (1919), βραβεύτηκε με το Αριστείο των Γραμμάτων και των Τεχνών.
Στα κατάλοιπα του λογοτέχνη, βρέθηκε ανέκδοτη δική του μετάφραση της Πολιτείας του Πλάτωνα σε δημοτικό λόγο. Από τα δέκα βιβλία της πλατωνικής Πολιτείας, τα επτά μόνο μπόρεσε να επεξεργαστεί, αλλά και έτσι η εργασία του παραμένει πολύτιμη. Την Πολιτεία είχε μεταφράσει και εκδώσει ο Γρυπάρης και το 1911 στη σειρά της βιβλιοθήκης "Φέξη" στην καθαρεύουσα, αλλά δεν ικανοποίησε πλήρως τον ποιητή. Γι' αυτό την ξανάκανε στην δημοτική, βελτιώνοντας την απόδοση του κλασσικού κειμένου.
Η Εταιρεία Ελλήνων Λογοτεχνών, στην οποία ο Γρυπάρης κληροδότησε τα υπάρχοντά του, παραχώρησε τα χειρόγραφά του και έτσι εκδόθηκαν στη νέα σειρά "Αρχαίων Ελλήνων Συγγραφέων" σε επιμέλεια του Ευάγγελου Παπανούτσου.