دفتر عقل مجموعه مقالات فلسفی کلامی نویسنده است که طی سالهای ۷۱ تا ۷۴ نوشته و در نشریات منتشر شدهاند. بیست و دو نوشتار وگفتار این مجموعه در چهار بخش تنظیم شدهاند: مقالات تحلیلی فلسفی کلامی که بیش از نیمی از کتاب را در بر میگیرد، کتابشناسیهای توصیفی فلسفی، مقالات مختصر توصیفی فلسفی کلامی و بالاخره گفتگوهای فلسفی کلامی. دفتر عقل نشاندهنده دغدغههای چهارساله نویسنده در مرحله اول کوششهای فلسفی کلامی است که به قصد احیا، پالایش و ترقی سنت فلسفی کلامی قلمی شده است، به این امید که خواننده را دمی به تعقل فروبرد، برایش سوالی ایجاد کند و یا مقدمات پاسخ به پرسشی را فراهم آورد. از مباحث مهم این کتاب میتوان موارد زیر را نام برد: بررسی مقام عقل در اندیشه شیخ مفید عقل و دین از نگاه محدث و حکیم عیار نقد در منزلت عقل مبانی اصلاح ساختار آموزشی حوزههای علمیه جایگاه حوزه علوم اسلامی در عصر حاضر تاملی در فلسفه و کلام اسلامی معاصر گفتوگو از منظر مبانی دینی
در سال ۱۳۵۶ تحصیل در رشته مهندسی برق و الکترونیک را در دانشگاه شیراز آغاز نمود. پس از انقلاب دانشگاه را نیمه تمام رها کرد و در سال ۱۳۵۹ وارد حوزه علمیه قم شد. دوره آموزشی او در حوزه در سال ۱۳۷۵ و با گذراندن مرحله سطح عالی به پایان رسید. در سال ۱۳۷۶ به مرحله اجتهاد رسید و اجازه اجتهاد را از آیتالله حسینعلی منتظری دریافت کرد
در کنار تحصیلات حوزوی، در سال ۱۳۷۲ کارشناسی ارشد را در رشته الهیات و معارف اسلامی در مرکز تربیت مدرس دانشگاه قم اخذ کرد. پس از آن در سال ۱۳۷۸ از رساله دکتری خود با عنوان «تحلیل انتقادی آرا ابتکاری آقا علی مدرس در حکمت متعالیه» با راهنمایی دکتر غلامحسین ابراهیمی دینانی دفاع کرد و موفق به اخذ مدرک دکتری فلسفه و حکمت اسلامی گرایش حکمت متعالیه از دانشگاه تربیت مدرس شد. در این سال برای اولین بار پس از انقلاب روانه زندان شد. او در سالهای آخر دهه هفتاد هجده ماه را در زندان گذراند. شرح دفاعیات او در دادگاه ویژه روحانیت در کتاب بهای آزادی آمدهاست.
از اوایل دهه ۱۳۷۰ تدریس در مراکز آموزش عالی را شروع کرد. وی در سالهای ۱۳۷۳ تا ۱۳۷۷ به عنوان مدرس مدعو و از ۱۳۷۹ تا هنگام اخراج، به عنوان استادیار گروه فلسفه دانشکده علوم انسانی دانشگاه تربیت مدرس مشغول فعالیت بود. کدیور همچنین از سال ۱۳۸۳ تا ۱۳۸۵ مدیریت گروه فلسفه این دانشگاه را برعهده داشت. وی در خرداد سال ۱۳۸۶ به دلایل سیاسی از دانشگاه اخراج شد. این اتفاق اعتراضات دانشجویان و محافل روشنفکری را به همراه داشت. کدیور سپس به عضویت هیات علمی گروه فلسفه اسلامی مؤسسه پژوهشی حکمت و فلسفه ایران درآمد.
کدیور همچنین ریاست انجمن دفاع از آزادی مطبوعات را از آغاز تاسیس آن (۱۳۷۸) تاکنون برعهده داشتهاست. تا امروز از او ۱۲ کتاب به چاپ رسیدهاست. او برادر جمیله کدیور است