İlk ve ortaöğrenimini doğum yeri de olan Tokat'ta gördü. Gazi Osman Paşa Lisesini tamamladıktan sonra 1984 yılında Marmara Üniversitesi Atatürk Eğitim Fakültesi Sosyal Bilgiler Eğitimi Bölümüne başladı. 1988 yılında mezun olup bir yıl sonra aynı bölümde araştırma görevlisi olarak çalışmaya başladı. Yüksek lisansını Necati Efendi Tarih-i Kırım (Rusya Sefaratnamesi) tezi ile yapıp, 1997 yılında Osmanlı Devlet Teşkilatında Defterhâne-i Âmire (XVI-XVIII. Yüzyıllar) tezi ile doktorasını tamamladı. 2000 yılında yardımcı doçentliğe, 2008 yılında doçentliğe, 2014 yılında ise profesörlüğe yükseldi. 2001 yılında Fen Edebiyat Fakültesi Tarih Bölümüne geçiş yaptı. 2010 yılında Marmara Üniversitesi-Fen-Edebiyat Fakültesi Tarih Bölümü başkan yardımcısı oldu.
2007 yılında 24 televizyonunda Geçmiş Zaman Olur ki adlı haftalık bir tarih programına katılmaktaydı. Habertürk televizyonunda Murat Bardakçı ve Pelin Batu ile birlikte Tarihin Arka Odası adlı bir tarih programı yaptı. Ayrıca ilk sayısı 30 Mayıs 2010'da çıkan ancak 22 Mayıs 2011'de yayın hayatı son bulan Habertürk Tarih dergisinde de pazar günleri yazdı. Aynı derginin akademik koordinasyonu görevini de üstlenmişti. 2011 yılında Show TV'de yayınlanan Muhteşem Yüzyıl adlı dizinin ilk sezonunda tarih danışmanlığını yapan Afyoncu, dizinin ikinci sezonunda tarih danışmanlığını bıraktı. 11 Nisan 2012 tarihinde Cumhurbaşkanı Abdullah Gül tarafından, Atatürk Kültür, Dil ve Tarih Yüksek Kurumu Yönetim Kurulu üyeliğine getirildi.
Halen Bugün gazetesinde Çarşamba ve Pazar günleri köşe yazıları yazmakta ve Tarihin Arka Odası'na devam etmektedir.
Erhan Afyoncu kitabında Osmanlı tarihinde sıklıkla düşülen yanlışlıkla düzeltiyor, ilgi çekici olayları anlatıyor. Kitapta olaylar kısa bölümler halinde aktarılmış, kolayca okunuyor. Tarih meraklılarına önerilebilir.
Got this from the book market in Istanbul which was very cool! The book in itself was okay, nothing amazing. Glad it was short and sweet. Wish it included more history about women, family, education and religion!
Osmanliyla alakali yanlis bilinen bircok seyin dogrusunu kaynaklara atifta bulunarak anlatiyor. Tarihe farkli bir pencereden bakma firsati sunuyor. Tarihe ilgi duyanlarin okumasini tavsiye ederim.
Bir hayalet ABD yi pençeleri ne almış rahat bırakmıyor. Bu Osmanlı İmparatorluğunun hayaleti. Irakta Sırbistan da basra da Kosova da körfez savaşında 11 eylül saldırılarında bu hayalet bizimleydi. Osmanlı hayaletleri asla uzaklasmadi. (David FROMKIN , 9MART2003, NEW YORK TIMES)