ولد الشكعة في أغسطس 1917م في قرية محلة مرحوم، المجاورة لمدينة طنطا بمحافظة الغربية، وتعلَّم في مدارسها الابتدائية، وحين تُوفي والده انتقل للإقامة مع أخيه الأكبر الذي كان موظفًا في القاهرة، ثم التحق بكلية الآداب جامعة القاهرة.
كان الدكتور مصطفى الشكعة طالبًا في كلية الآداب يتلقى العلم على كثير من هؤلاء المستشرقين والدكتور طه حسين، لكن كان مصطفى الشكعة يُعارض كل رأي لا يرضاه؛ ولذلك فإنه تصدى لبعض الآراء التي كان الدكتور طه حسين يلقيها في محاضراته، منها موقفه من مصطفى صادق الرافعي في ذلك الوقت.
ويُذكر للدكتور مصطفى الشكعة فضل إدخاله تدريس اللغة العربية في كثير من الجامعات الأمريكية -أثناء إقامته في الولايات المتحدة- والإسهام في تطوير الجامعات المصرية منذ سنـة 1959م، ومراجعة مقررات اللغة العربية والتربية الإسلامية في مدارس دولة الإمارات العربية المتحدة، وكتابة بعض المواد العلمية في دوائر المعارف الإسلامية.
نال جائزة الدولة التقديرية في الآداب عام 1989م، وله عديد من المؤلفات في شتى العلوم والمعارف الإسلامية أشهرها "إسلام بلا مذاهب" الذي طُبع أكثر من ثلاثين طبعة، قال عنه الشكعة: "أشير في هذا الكتاب إلى أنه حينما نزلت الرسالة السماوية على قلب النبي محمد كان هناك إسلام واحد، هو الإسلام الذي يشترط الإيمان بالله واليوم الآخر والكتب والأنبياء، الإسلام الذي يأمر بالمعروف وينهى عن المنكر، والذي فرض علينا التعلم والعمل".