يتحدث المؤرخ البحريني حسين الجمري عن تاريخ مسجد الخميس ، أو كما سمي لاحقا بالمشهد ذي المنارتين ، وهو احد اهم معالم البحرين اذ تدل الدراسات الاثرية انه بني قبل مجيء القرامطة ، ثم هدم ، ثم بني في أواخر عهد القرامطة ، ومن ذلك المسجد انطلقت ثورة ضد حكم القرامطة تزعمها أبو البهلول العوام من بني الزجاج من عبدالقيس، وقاموا فيها بدحر القرامطة من جزيرة أوال، فقامت ثورتان ضد القرامطة أحداهما في القطيف بقيادة يحيى بن عياش والاخرى في هجر (الأحساء) بقيادة عبدالله العيوني وكلهم ينتمون لعبدالقيس ، فانتصرت الثورتان ، ثم نجمت الحرب بين هذه القيادات ، فقضى يحيى بن عياش على ابو البهلول واستولى على اوال، ثم جاء العيوني لينقض على نجل يحيى بن عياش ويكون دولة كبرى موحدة في اوال والقطيف والاحساء وهي دولة العيونيين.
اهتم العيونيون بإقامة المساجد، فوسعوا مسجد الخميس والذي كان أهم مساجد أوال، و من المساجد التي تعود إلى حقبتهم هو مسجد جمالة في البلاد القديم ومسجد سبسب في قرية سبسب المندثرة جنوب داركليب، و كما تشير الآثار إلى أن العيونيين كانوا شيعة اثنى عشرية فبالاضافة الى العملة التي سكت وفيها عبارة علي ولي الله، فقد عثر ايضا في مسجد الخميس على نقش مهم في المنارة الغربية يعود لسنة 518 هجرية ذكرت فيه البسملة والشهادتين مع شهادة ثالثة ان عليا ولي الله، وذكر فيه أسماء النبي والائمة الاثنى عشر، وكتب فيه اسم العالم الديني الذي كان مشرفا على مسجد الخميس وهو معالي بن الحسن بن علي بن حماد، وأن هذا النقش في عهد الأمير محمد بن الفضل العيوني.
يقترح الجمري أن علي بن حماد جد معالي بن الحسن قد يكون هو نفسه صاحب مسجد علي بن حماد في قرية باربار، أي انه قد يكون عاش في القرن الرابع الهجري، بينما ينسب البعض هذا المقام لشيخ وشاعر عاش قبل أربعة قرون فقط.
يفصل مؤرخنا الأستاذ حسين كيف كان من ذرية معالي بن الحسن مشايخ ووزراء ظهروا في نقوش تعود لتواريخ لاحقة منهم
- الشيخ فلان ابن الشيخ سعيد بن معالي (متوفى 1249ميلادي) - الوزير محمد بن أحمد بن سعيد بن معالي (متوفى 1329 ميلادي) - الوزير علي بن محمد بن أحمد بن معالي (متوفى 1368 ميلادي)
اضيف اقتراح أن الشيخ ميثم البحراني مولود سنة 1238 واسمه ميثم بن علي بن ميثم بن المعلى ، واسم المعلى متشابه مع اسم معالي ، كما انه حدث اختلاف في قراءة اسم معالي فبعضهم قرأه المعلى ، فربما يكون الشيخ ميثم من نفس هذه العائلة ، خاصة وأن العلوم الدينية والوجاهة في السابق كانت حكرا على عوائل معينة.
تحدث المؤرخ عن ما بعد العيونيين حيث جاء السلغريين والمغول والهرمزيين وبنو جروان وبعدهم الجبور والبرتغال ، وبعدها فترة السيطرة الصفوية ، كان حديثا قيما وإن كان فيه اختصار وتوجيه البحث لموضوعة مسجد الخميس بالذات