Dzimis tirgotāja ģimenē. Beidzis Franču liceju Rīgā 1943.gadā iestājās Latv.leģionā, kara beigās bija kaprālis prettanku vienībā. 1944 pēc kaujām pie Jelgavas nonāca Vācijā, nokļuva amerikāņu gūstā. Studējis Baltijas universitātē Pinnebergā Filozofijas fakultātē. 1952 izceļojis uz Angliju pie mātesmāsas. Mācījies medmāsu skolā vienā no Anglijas lielākajām slimnīcām. No 1959 strādājis bērnu psihiatriskajā slimnīcā. Latvijas PEN kluba biedrs. Pirmais publicētais stāsts "Gaisu!" laikrakstā "Laiks" 1945 Vācijā, turpat publicēti arī raksti par dažādiem jautājumiem. No 1953 bijis laikraksta "Londonas Avīze" līdzstrādnieks, publicējies žurnālos "Ceļa Zīmes", "Jaunā Gaita", laikrakstā "Laiks". Zariņš ir raksturīgākais eksistenciālisma pārstāvis latviešu pēckara literatūrā. Viņa daiļrade veidojusies spēcīgā A.Kamī, Dž.Džoisa, F.Kafkas un Ž.P.Sartra ietekmē. Izdevis stāstu un noveļu krājumus "Dieva mērkaķis" (1959), "Ceļš uz pasaules galu", stāsti "Varonības augstā dziesma" (abi 1962), "Trimdas augstā dziesma" (1967), romāni "Apsūdzēts" (1961), "Dvēseļu bojā eja" (1963), "Mieles" (1964), "Cilvēku medības" (1966). Pirmajā krājumā "Dieva mērkaķis" galvenokārt kara, okupētās Latvijas un trimdas dzīves tematika, centrā cilvēka pārdzīvojumi, bieži tēlota slimu cilvēku vide. Zariņš atveidojis arī 2.pasaules kara šausmas, trimdinieku nespēju iekļauties konservatīvās Anglijas sabiedrības mierlaika dzīvē, ar to saistīto garīgo vientulību un bezcerību arī laulības dzīves konfliktus. Zariņa varoņi dzīvo skumjā, traģiskā vidē, taču galēju bezcerību parasti kliedē viņu meklējumi pēc laimes un saskaņas cilvēku savstarpējās attiecībās. Zariņa prozai raksturīgi psiholoģiski spriegi, lakoniski dialogi. Ar kara tematiku saistītajos darbos daudz rakstnieka paša pārdzīvotā, galvenā atziņa - trimdinieku, īpaši bijušo karavīru dzīvi un psiholoģiju joprojām ietekmē un nosaka karā iegūtā traģiskā pieredze.
Rakstījis arī dzeju, rokrakstā palikušas lugas. Par savu uzdevumu trimdā Guntis Zariņš izvirzīja latviešu literatūras un kultūras popularizēšanu mītņu zemju sabiedrībā; kontaktu dibināšana ar Latviju. 1965. gadā viesojās Padomju Latvijā, šis brauciens bija arī traumatisks, saskaroties ar padomju īstenību. Miris 39 vecumā, izdarot pašnāvību.