الجزء الأول: العلم العربي - علم الطبيعة - الفيزياءالإسلامية ونظرية الجوهر الفرد - الحسن بن الهيثم والفصل بين مفهوم الجسم العلمي والجسم عند المتكلمين - ابن رشد والفصل بين مباديء التفكير العلمي وتصورات المتكلمين - قرن الطاعون - الثامن الهجري: ابن الخطيب والفصل بين علم الطب وتصورات المتكلمين - عبد الرحمن بن خلدون والفصل بين علم العمران وتصورات المتكلمين
الجزء الثاني: التكوين العلمي للنخبة العلمية المصرية - النموذج العلمي والمعرفي للعلم العربي والأوربي - الفرض العلمي بين النموذج العلمي العربي والأوربي - تكوين النخبة العلمية المصرية - جهود العلماء المصريين في تأسيس مدرسة علمية مصرية - النخبة العلمية المصرية ومستوى الإنتاج العلمي
الجزء الثالث: التكوين المؤسسي للنخبة العلمية المصرية - النظام الاجتماعي في المدينة العربية والأوربية في القرن الثامن الهجري - ال14 الميلادي - التكوين المؤسسي للنخبة العلمية ومحاولة إنشاء عصبية جديدة : رفاعة الطهطاوي - الشيخ حسين المرصفي - عبد العزيز جاويش - - مصير العصبية (المؤسسة) العلمية الحديثة