ينقسم الكتاب الى ثلاثة فصول وخاتمة :
الفصل الأول : عنوانه ( الاساس المعرفة للتسامح) وهو من اهم فصول الكتاب وافضلها تفصيلا وتعريفاً
الفصل الثاني : عقلنة الايمان وفيه يتناول تعقلنة الدين عند لوك
الفصل الثالث: التسامح وعلمنه العقل وهو تصور لوك عن التسامح وعلمنة المجتمع تحت مبدأ(عش ودع الاخرين يعيشون)