“Kundskabens træ” handler om de konsekvenser for menneskeheden og det enkelte menneske, den tredje verdenskrig eller den første atomkrig kan få. Vi følger en ung atomvidenskabsmand op hans uhyggelige rejse gennem resterne af det, der engang var Europa, hans mode med kærligheden i en ”oase” midt i de radioaktive ruiner og denne kærligheds grufulde frugt.