Với quy mô, tình hình tổ chức đảng, đảng viên như trên, Đảng ủy Công ty các nhiệm kỳ luôn xác định một trong các nhiệm vụ trọng tâm là nâng cao chất lượng tổ chức đảng, đảng viên. Các giải pháp được triển khai thực hiện ở từng giai đoạn đều được Đảng ủy, Ban Thường vụ Đảng ủy Công ty xác định trên cơ sở nhận thức, đánh giá sâu kỹ thực tiễn, tình hình, nhất là phân tích các yếu tố khó khăn, không thuận lợi. Đảng bộ được thành lập trên cơ sở tiếp nhận các tổ chức đảng thuộc quận ủy, huyện ủy, một số đơn vị thuộc Đảng ủy Sở Y tế nên sự gắn bó giữa các tổ chức đảng trong hệ thống chưa dài lâu. Do quá trình cổ phần hóa doanh nghiệp, việc thoái vốn nhà nước dẫn đến nhiều doanh nghiệp trong hệ thống có vốn nhà nước thấp, không chi phối, các cổ đông bên ngoài có tỷ lệ vốn cao hơn, giữ các chức danh lãnh đạo chủ chốt ở doanh nghiệp, không là đảng viên; mặc dù vẫn cho thành lập các tổ chức chính trị - xã hội trong doanh nghiệp nhưng việc tạo điều kiện cho các tổ chức hoạt động còn hạn chế (như kinh phí, thời gian...).