Sau Hiệp định Genève, ông tập kết ra Bắc và viết tiểu thuyết Đất nước đứng lên, kể về cuộc kháng chiến chống Pháp của người Ba Na, tiêu biểu là anh hùng Núp và dân làng Kông-Hoa, dựa trên câu chuyện có thật của anh hùng Đinh Núp. Tác phẩm khi xuất bản được nhiều người yêu thích và hâm mộ. Sau này cuốn truyện được dựng thành phim. Năm 1962 ông trở lại miền Nam, lấy bí danh Nguyễn Trung Thành, hoạt động ở khu V, là Chủ tịch chi hội Văn nghệ giải phóng miền Trung Trung Bộ, phụ trách Tạp chí Văn nghệ Quân giải phóng của quân khu V. Thời gian này ông sáng tác truyện Rừng xà nu. Sau chiến tranh, ông có thời gian làm Phó Tổng thư ký Hội Nhà văn Việt Nam, Tổng biên tập báo Văn nghệ.
Hoạt động xã hội
Sau thời kỳ làm báo, ông tham gia tích cực trong lĩnh vực văn hóa, giáo dục, gìn giữ bản sắc văn hóa dân tộc và chấn hưng giáo dục Việt Nam. Ông đã dịch một số tác phẩm lý luận văn học như Độ không của lối viết (Rolland Barthes), Nghệ thuật tiểu thuyết (Milan Kundera), tác phẩm của Jean-Paul Sartre, Jacques Dournes... Được xem là một chuyên gia về Tây Nguyên, trong buổi hội thảo vào tháng 4 năm 2009 về vấn đề khai thác bauxite ở Việt Nam, ông cho biết ý kiến chưa đồng tình với chính sách của chính phủ. Ông cũng từng tham gia phong trào quần chúng biểu tình phản đối việc gây hấn, xâm lược của Trung Quốc ở Biển Đông năm 2011 trong bối cảnh có sự ngăn cấm. Ngày 22 tháng 8 năm 2011, Đài truyền hình Hà Nội có làm một chương trình về sự việc này, trong đó có đoạn phát thanh viên nói "một số phần tử phản động tham gia biểu tình", đồng thời khung hình đang quay cảnh Nguyên Ngọc và 2 trí thức khác là giáo sư Nguyễn Huệ Chi, tiến sĩ Nguyễn Văn Khải. Sự việc này làm ông bất bình và đã gửi thư phản kháng lên Bí thư Thành ủy Hà Nội. Gần đây, ông đã xin rút tên khỏi danh sách đề cử Giải thưởng Hồ Chí Minh năm 2011, một giải thưởng cao quý của Việt Nam, một động thái được nhiều người cho rằng nhằm phản đối quy trình bầu chọn bất hợp lý của hội đồng giải thưởng.
Những tác phẩm chính
Đất nước đứng lên Rẻo cao Đường chúng ta đi Đất Quảng Rừng xà nu Có một đường mòn trên biển Đông Cát cháy Tản mạn nhớ và quên, 2004 Nghĩ dọc đường, 2005 Lắng nghe cuộc sống, 2006 Bằng đôi chân trần, 2008
Một thiên ký sự về đường mòn và những con tàu không số, về những con người sống động, chân thực của lịch sử ngày hôm nay lại bình lặng giữa đời thường. Biển cứ im lìm và phẳng lặng, biển xóa sạch mọi dấu vết của cuộc kháng chiến chống Mỹ ác liệt ấy, nhưng thông qua cuốn sách này, chúng ta đã biết thêm 1 phần về những năm tháng ấy, những con người kỳ diệu ấy, những mối tình vượt thời gian... Điều bất ngờ nho nhỏ của mình là khi cuốn sách nhắc đến bệnh xá huyện Đức Phổ, đến cô bác sĩ người Hà Nội tên là Đặng Thùy Trâm. Tự dưng mình nghĩ, kể cả khi cuốn nhật ký của chị không được xuất bản đi nữa, thì sự tồn tại của chị cũng không bao giờ vô danh, người ta vẫn nhắc tới chị bằng những lời thật đẹp...
Cuốn sách đã chinh phục được tôi. Nó khiến thấp thỏm theo những tình tiết của câu chuyện. Tôi thấy vô cung cảm động trước sự dũng cảm, sự hi sinh thầm lặng và những tình yêu lứa đôi trong sáng vẹn nguyên. Sau tất cả mọi thứ đều lặng im dưới mặt biển trong xanh. Một tác phẩm tuyệt vời!!!
"Đây là câu chuyện về một con đường. Chúng ta đang đi tìm một con đường." Trong một buổi chiều mưa trốn tiết, mình lần mò ra quyển này từ thư viện trường, mừng rơn. Đọc rồi mới biết mấy câu "cha anh ta đã hy sinh xương máu để có nền độc lập...." mình hay viết nó sáo rỗng tới mức nào. Hồi đó sao những bậc ông, bà, cha, chú của mình lại có thể làm được những việc phi thường đến vậy nhỉ? Chỉ từ mười đồng bạc lẻ mà có thể xoay sở mua được cả chiếc ghe 7, 8 triệu, rồi xăng, dầu, gạo, mắm muối,... Mà đó là ở cái thời những năm 60 đấy! 1959, miền Nam đứng dậy. "Và miền Nam gọi. ... Miền Nam gọi súng. Miền Nam đòi súng." Và những con tàu ra đi, không số. Bao nhiêu chuyến tàu đi, bao nhiêu người trở về? Có bao nhiêu người vùi mình trong biển cả mênh mông? Những con người can trường một thời kháng chiến ấy, những con người đã hy sinh cả cuộc đời mình ấy- "Những con người đó chúng ta vẫn thường yên tâm gọi bằng một cái tên to tát và trừu tượng, là nhân dân: nhân dân vô số và vô danh." Má Mười Rìu, chú Năm Sao, và nhiều số phận khác- không tên, đã gắn liền với con đường huyền thoại ấy. Sự hy sinh của họ, không đòi hỏi bất kì sự đền đáp gì. Vì theo lời má Mười: "Còn xương máu anh em, ai trả?" Điều tiếc nuối nhất của mình là phải chi mình đã biết đến quyển sách này sớm hơn, vì bây giờ thì mình chỉ còn có thể mượn đọc quyển này từ thư viện. Và bộ phim tài liệu cùng tên cũng chỉ có vài trích đoạn nhỏ còn sót lại trên mạng. Hy vọng 2021 là kỉ niệm 60 năm mở tuyến đường Hồ Chí Minh trên biển thì các nhà xuất bản sẽ cho tái bản lại cuốn này. Và thiết kế lại một cái bìa đẹp hơn nữa.....
This entire review has been hidden because of spoilers.