Gilles, adolescent ayant grandi en ville, est placé à la campagne chez sa tante pour quelques mois. La nature bordelaise lui procure alors un bonheur qu'il ignorait, notamment lors de ses promenades dans un jardin situé près de l'estuaire... Cette douceur est mise à rude épreuve alors qu'il intègre l'internat du collège voisin. C'est toute la dureté des relations entre adolescents qui rythme désormais son quotidien. Mais là se nouent également les amitiés les plus fortes. Gilles assiste aussi aux premières mises à mal d'une intégrité morale qui soulignent l'entrée dans l'âge adulte. Il éprouve par ailleurs le manque de ce père malade auquel la mère consacre toute son énergie... jusqu'à l'inéluctable.
Issu d’une vieille famille blayaise, il effectue ses études à Bordeaux, avant que de rejoindre ses parents à l’âge de 17 ans dans la petite sous-préfecture girondine. La calme et lumineuse atmosphère de la cité nichée tout au bord de l’estuaire suscite ses premiers émois de poésie. Surveillant au collège de Blaye, il consacre ses moindres heures de liberté et une partie de ses nuits à l’étude et achève brillamment ses humanités. En 1908, il publie son premier recueil de vers, les Poèmes provinciaux (éd. du Beffroi, Paris), puis en 1911, alors qu’il a gagné Paris, une deuxième série, La Maison pauvre (éd. du Temps présent, Paris). L’année suivante, paraît son premier roman, L’Élève Gilles (Perrin), réédité en 1956 avec une préface de François Mauriac, par le Club français du Livre, délicate et mélancolique autobiographie de sa vie de collège. André Lafon obtient, le 3 mars 1912, le Grand prix de littérature de l'Académie française. En 1914, il publie un autre roman, La Maison sur la rive.
Il est fiancé un temps avec une amie des Mauriac, la femme de lettres Jeanne Alleman, en littérature Jean Balde. Peu de temps avant la guerre, il rompt les fiançailles. Quoique de santé délicate, André Lafon est reconnu apte au service lorsque la guerre éclate. Affecté comme gestionnaire ambulancier, il contracte la scarlatine et succombe à l’hôpital Saint-Nicolas de Bordeaux. Pour le personnage de Nicolas Plassac dans Galigaï, François Mauriac s’est inspiré de son grand ami André Lafon, auquel il consacre un essai, Vie et Mort d’un poète. Dans sa préface à L’Élève Gilles, il écrit : « L’univers tel qu’André Lafon le contemplait à mes côtés, mais qui l’avait en quelque sorte pénétré dès son enfance, il en avait été envahi, possédé, au point que, depuis Maurice de Guérin, nous chercherions en vain dans les lettres françaises un jeune être identifié à la nature comme le fut André Lafon. »