Le code Shakespeare dévoile l'histoire de Francis Bacon à travers des textes codés que l'on trouve parsemés en grande partie dans l'oeuvre de Shakespeare ainsi que dans les oeuvres d'autres écrivains du XVIIe siècle. Pendant plus de deux cent cinquante ans, ces codes sont demeurés méconnus ou plutôt cachés. Ceux qui ont osé évoquer les secrets contenus dans ces textes en ont payé le prix.
Ces codes font éclater au grand jour la vérité sur le mariage clandestin d'Élisabeth - la « reine vierge » -, les meurtres, les scandales, la corruption et les mensonges inhérents à l'époque, ainsi que sur la vie de Francis Bacon, le créateur de ces codes.
Comme cette histoire ne pouvait être divulguée du vivant de Bacon, il la consigna en codes, espérant que ceux-ci soient un jour découverts et que tous puissent connaître la vérité.