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“E io ho dedotto che il verbo “abituarsi” significa qualcosa come soffrire.”
― Walter Fontana, Splendido visto da qui

“L'un des défis majeurs consiste à créer un processus transparent, assisté par ordinateur, qui permette d'identifier et de traduire des énoncés du langue naturel riches en biochimie et en bio-physique, mais ambigus, en graphiques Kappa simples. Russ Harmer l'a ainsi résumé: fusionner la représentation des connaissances et la modélisation de telle sorte que les modèles puissent devenir des vecteurs pour stocker, suivre, communiquer et analyser les connaissances biologiques. Cela présente d'énormes difficultés qui engageront l'informatique et l'intelligence artificielle. Ce défi est loin d'avoir été relevé. Pour l'instant, les hommes fusionnent dans leur tête la représentation et la modélisation des connaissances, ce qui n'est ni mesurable ni facile à partager.”
― Walter Fontana, Du calcul au vivant : le défi d'une science de l'organisation

“En plus des modèles statistiques, les scientifiques créent des modèles mécanistes pour mieux comprendre les processus dynamiques qui génèrent l'état d'un système reflété dans les données. L'analyse du comportement dynamique des réseaux d'interactions moléculaires permet d'expliquer comment et pourquoi un système biologique fonctionne. Ces réseaux sont modélisés à differents niveaux d'abstraction. Une nouvelle approche consiste à représenter chaque interaction comme une instruction dans un langage de programmation créé à cet effet. Un modèle représente alors en réalité un système biologique tel un programme. Cela est plus subtil que d'utiliser un ordinateur pour exécuter un modèle informatique entendu comme codant le comportement d'un système. Il s'agit de représenter un système complexe en utilisant des idées issues du calcul.”
― Walter Fontana, Du calcul au vivant : le défi d'une science de l'organisation

“Il semble parfaitement raisonnable et faisable d'identifier des règles qui s'appliquent à des domaines spécialisés d'espace chimique, tels que les sucres ou les graisses. Cependant, il n'est pas clair, en ce qui me concerne, de dire si cela fait sens de parler des règles chimiques dans toute leur généralité. Mon raisonnement est le suivant. La représentation basée sur des règles se fait au prix d'une séparation entre, d'une part, les objets physiques tels que les molécules et, d'autre part, les objets épistémiques comme les règles. Je voudrais suggérer que cette séparation entre les objets et les règles peut ne pas être absolue, en particulier lorsque nous nous tournons vers la biologie.”
― Walter Fontana, Du calcul au vivant : le défi d'une science de l'organisation

“L'exploration de l'espace chimique nécessite une plateforme pour gérer les règles. Étant donné l'importance de la chimie pour la vie au sens biologique, technologique et commercial, il est surprenant qu'une plateforme rigoureuse et ouverte pour la modélisation de la chimie en matière de réécriture de graphes n'ait été mise en œuvre que durant la dernière décennie. La réécriture de graphes est une représentation naturelle et un terrain fertile pour les méthodes formelles avec des liens vers la théorie des catégories. La plateforme, appelée Mød, a été conçue et implémentée par Daniel Merkle, Jakob Lykke Andersen, Christoph Flamm et Peter Stadler.”
― Walter Fontana, Du calcul au vivant : le défi d'une science de l'organisation

“Nous avons remplacé un monde que nous ne comprenons pas avec un modèle que nous ne comprenons pas.”
― Walter Fontana

“Supposons que nous soyons satisfaits de ce que couvre notre modèle. Cependant, celui-ci, avec ses 1300 règles, n'est pas compréhensible, bien que chaque règle soit parfaitement claire individuellement. Nous avons remplacé un monde que nous ne comprenons pas par un modèle que nous ne comprenons pas. Nous avons créé artificiellement un objet complexe qui, l'on espère, a quelque connexion avec le monde des phénomènes réels. Mais maintenant, nous avons besoin d'instruments pour pouvoir l'étudier. Il s'agit d'une science expérimentale sur un modèle, et il semble que ce soit le défi auquel les informaticiens sont confrontés lorsqu'ils tentent de comprendre les programmes complexes qu'ils ont eux-mêmes construits. Je souhaite attirer votre attention sur un type particulier d'analyse qui est spécialement adapté aux modèles à base de règles: c'est l'analyse causale.”
― Walter Fontana, Du calcul au vivant : le défi d'une science de l'organisation

“Obtenir les règles de la chimie est un problème ouvert difficile. La base de données chimique la plus importante est probablement Reaxys, propriété d'Elsevier. Reaxys tire ses données de 16 000 journaux scientifiques et brevets, couvrant la période de 1771 à nos jours. Près de 20 millions de composants chimiques et 16 millions de réactions sont disponibles et utilisables pour apprendre les règles. Toute approche devrait surmonter beaucoup de défis, y compris les avocats. Certaines difficultés consistent à déterminer pour chaque réaction quels atomes de gauche correspondent à quels autres atomes de droite; à identifier le contexte nécessaire à une transformation qui pourrait inclure des pièces none affectées mais néanmoins nécessaires; à estimer la faisabilité énergétique; à évaluer la stéréochimie; à identifier les conditions de réaction, telles que le type de support catalytique et de solvant, ainsi que la température et la pression.”
― Walter Fontana, Du calcul au vivant : le défi d'une science de l'organisation