“و قبل ذلك في فبراير من عام 1987، أعيدت محاكمته غيابيًا مع اللواء محمد الجنزوري و المقدم حسن كفافي و آخرين، بتهمة اشتراكهم في تعذيب جماعة "الإخوان المسلمين".

غير أن شمس بدران بعد الهروب إلى لندن، لم يمنع نفسه من أن يحاول غسل يديه من الكثير من الأحداث التي ارتبطت باسمه، مثل اعتقالات جماعة الإخوان المسلمين و تعذيبهم و إعدام عدد من قادتهم. و قد أقر في حديث للصحفي جلال كشك بمجلة "الحوادث" اللبنانية أنه تصرف في عملية اعتقال الإخوان المسلمين عام 1965 حسب الموقف و لم يحصل على أوامر من أحد.... و لكنه لأنه وزير الحربية كان في سباق مع الزمن و كان لابد أن ينتزع اعترافات المتهمين و عددهم 300 بأي صورة حتى و إن كانت القسوة هي الحل.

و لتبرئة نفسه، يقول بدران لمجلة "الحوادث" اللبنانية: "اتفقت مع الرئيس عبدالناصر على أنه بعد صدور الأحكام في القضية يخفف أحكام الإعدام، ثم سافرتُ إلى لندن للعلاج، و هناك علمتُ أنه تم تنفيذ الإعدام في ثلاثة، و لما عدت سألت فعلمت أن الرئيس صدّق على هؤلاء الثلاثة؛ لأنه سبق الحكم عليهم في 1954.. و قد تألمت جدًا لإعدام هوّاش؛ لأنه من واقع التحقيقات لم يشترك في أي اجتماع للقيادة، و أقصى ما يمكن أن يُتهم به هو أنه علِم و لم يبلّغ، و قلت للمشير: أنا لازم أكلم الرئيس في موضوع هواش؛ لأنه لا يستحق الإعدام.. فقال لي المشير: بلاش لحسن الرئيس ضميره يتعبه.

جابر رزق، مذابح الإخوان في سجون ناصر، دار الاعتصام، القاهرة، 1977.”